Samostan je utemeljen 1481. godine. Crkva je bila sagrađena prije samostana, a posvećena je 3. prosinca 1488. Godine 1571. samostan i crkva teško su stradali od turskih pljačkaša koji su opljačkali i zapalili Stari Grad. Nakon odlaska Turaka samostan se obnavlja i utvrđuje s dvjema kulama za obranu. Crkva je pretrpjela velika oštećenja do to mjere da se nije mogla obnavljati nego se pristupilo gradnji nove crkve i zapadnog dijela samostana. Krajem XIX. i početkom XX. stoljeća bilo je potrebno izvršiti temeljitije popravke na samostanu i sagraditi posve novu crkvu, koja postoji i danas. Samostanska crkva je prostrana jednobrodna s lijepim mramornim oltarima, umjetničkim palama i prekrasnim renesansnim križem na glavnom oltaru, kažu najvećim u Dalmaciji. Tu je i grob pjesnika Petra Hektorovića. U knjižnici i arhivu čuvaju se brojne isprave, rukopisi i inkunabule. Muzejska zbirka sadrži fosilne nalaze, paleografske spomenike, kovanice Farosa i drugih grčkih gradova, kao i nalaze iz rimskoga razdoblja. Među umjetninama se ističe „Oplakivanje Krista“ J. Tintoretta (1512. – 1594.), drveno barokno raspelo G. Piazzette (1640. – 1705.) te koralni priručnik s najstarijim poznatim primjerkom vokalne skladbe na hrvatskom jeziku u dijafoniji. Kroz svoju povijest samostan je odigrao veliku ulogu na vjerskom, prosvjetnom, kulturnom i nacionalnom području života Staroga Grada i okolnih mjesta. Godine 1987. samostan je obnovljen. Braća koja ondje žive i rade u crkvi za vrijeme ljeta organiziraju koncerte, likovne kolonije, propovijedaju, ispovijedaju te se bave duhovnim turizmom.